Haydns sterbliche Überreste wurden 1820 in die Gruft der Bergkirche zu Eisenstadt überführt. Als dabei Haydns Sarg geöffnet wurde, mußte Nikolaus II., Fürst Esterházy feststellen, daß der Kopf Haydns fehlte. Haydns Schädel wurde kurz nach der Beerdigung von Anhängern der Schädellehre von Franz Joseph Gall gestohlen. Dieser vertrat die Auffassung, daß Geistes- und Gemütseigenschaften in der Hirnrinde ihren Sitz hätten und sich in Erhabenheiten und Vertiefungen des Schädels zeigten.
Haydns Schädel befand sich von 1895 - 1953 im Museum der Gesellschaft der Musikfreunde in Wien.