Die Durchführung steht völlig im Dienste der Verarbeitung der beiden aufgestellten - aus einem Keim resultierenden - Themen. Es gibt keinen Symphoniesatz in der europäischen Musikgeschichte, der mit so kleinen musikalischen Grundelementen einen solchen großen Klangkosmos aufstellt.
Vorerst moduliert Beethoven mit dem Schicksalsmotiv von Es-Dur nach f-Moll.
Das leicht veränderte Schicksal-Motiv bleibt treibende Kraft der Durchführung. Ein Crescendo aus dem Pianissimo heraus führt zum Hauptthema im Fortissimo des gesamten Orchesters, wo Beethoven zuerst auf den Terzschritt des Schicksal-Motivs verzichtet, dann von drei Schlägen des Motivs auf zwei Schläge verkürzt.
Im Fortissimo wird das Seitenthema in der Durchführung in das Geschehen gebracht und daraufhin der zweite und dritte Takt dieses Themas zum musikalischen Geschehen herangezogen. Die Gegenüberstellung von Streichergruppe und Holzbläsergruppe bestimmt den Klangeindruck.
Auf dem Schluß-G des Dominantakkordes G-Dur bleibt der Oboe in einer eintaktigen Adagio-Kadenz ein klagendes, wehmütiges Nachwort überlassen.
Im Zwischensatz der Reprise ist der musikalische Stoff ähnlich verteilt wie in der Exposition. Das Schicksal-Motiv wird nebeneinander gestellt. Tonartlich muß eine leichte Veränderung sein, wird doch das Seitenthema in der parallelen-Dur-Tonart gespielt.
Das Seitenthema ist in C-Dur, wie es der Regel eines Sonatenhauptsatzes entspricht.
Der Epilog erklingt.
Die Coda verdichtet noch die Spannung. Das Schicksalsmotiv als Teil des Hauptthemas bestimmt das Geschehen.
Das Seitenthema erklingt mit veränderten Intervallschritten.
Aus dem Terzschritt des Seitenthemas formiert sich ein neues Thema in regelmäßiger Viertelnotenbewegung.
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